Na Copa de 2006, na Alemanha, o Brasil adotou o sistema tradicional com dois zagueiros, mantendo Lúcio como referência e promovendo Juan à titularidade. A dupla já atuava junta em outros momentos e apresentava entrosamento.
Apesar da experiência e da qualidade técnica, a equipe não conseguiu avançar além das quartas de final. Ainda assim, a dupla foi considerada uma das mais sólidas do período, sendo mantida para o ciclo seguinte.