Ao tratar, é preciso diferenciar a amigdalite causada por vírus da bacteriana. Nas amigdalites por vírus, a infecção atinge preferencialmente a região da orofaringe (amídalas e faringe) e deve ser tratada com analgésicos e anti-inflamatórios simples.
Já nas amigdalites bacterianas (causadas mais comumente pelos tipos estreptococos e os estafilococos) provocam grande inflamação nas amídalas associada ao aparecimento de placas de pus na orofaringe, tornando necessário o uso de antibióticos específicos. Nesses casos, é exigido maior rigor no tratamento, pois suspender a medicação assim que desaparecem os sintomas, sem completar o período prescrito pelo médico, pode provocar complicações graves.
Se as bactérias não forem totalmente eliminadas, elas podem permanecer ativas no organismo e migrar para outros tecidos, causando problemas distantes da garganta, como febre reumática e nefrite (inflamação dos rins).
Se a amigdalite for crônica, outras causas devem ser pesquisadas para descobrir a razão da inflamação e buscar o tratamento adequado. A remoção cirúrgica das amígdalas só é indicada em casos específicos que não respondem ao tratamento clínico e se repetem várias vezes ao ano, as chamadas amigdalites de repetição ou recorrentes.