Membros das facções Comando Vermelho e PCC entraram em uma disputa com milícias paramilitares (um grupo de policiais e seus membros que atuam como mafiosos, como grupos paramilitares privados), assumir controle das principais rotas fluviais na Amazônia. Essas facções, além de envolvimento em atividades como tráfico de drogas e armas, também têm sido associadas a outras formas de crimes, como homicídios, extorsões e roubo de cargas.
Na região Norte do País, uma das rotas mais utilizadas é a que se inicia no Rio Solimões, no Amazonas, e segue até Barcarena, no Pará, onde está localizado um dos maiores portos brasileiros, facilitando o acesso aos Estados Unidos e à Europa. Em 2023, as autoridades apreenderam 14,2 toneladas de drogas em embarcações no Amazonas e outras 3,9 toneladas no Pará.
A fronteira entre o Amazonas e o Peru e a Colômbia, os maiores produtores de drogas do mundo, faz com que seja inevitável o tráfico de entorpecentes pelo estado. Muitas vezes, essas drogas são transportadas em barcos ou lanchas, algumas até mesmo blindadas e equipadas com armas pesadas para confrontar as autoridades policiais. Recentemente, no Pará, pescadores encontraram um submarino em São Caetano de Odivelas, no Nordeste do estado.
A Polícia Federal abriu uma investigação para examinar o incidente; o segundo desse tipo no Pará. Existe a suspeita de que a embarcação estivesse sendo usada para o tráfico de drogas. A primeira vez que algo semelhante foi encontrado foi em 2015, próximo à cidade de Vigia, onde um semissubmersível de 17 metros estava sendo construído em um igarapé no rio Guajará-Miri. Este veículo tinha capacidade para transportar até 20 toneladas de carga.
Além das facções criminosas que operam em todo o país, as investigações têm revelado o envolvimento de policiais e outros funcionários públicos do Amazonas no tráfico de drogas, seja de forma direta ou indireta, através de proteção ou extorsão. Igor Starling, que coordena o Gaeco Amazonas e atua como promotor do Ministério Público, destaca que grupos paramilitares, conhecidos pelos investigadores como "narcomilícias", interceptam carregamentos de drogas das facções em operações. Essas drogas são então vendidas ou devolvidas mediante pagamento.
No Brasil, as facções criminosas representam uma realidade complexa e desafiadora para as autoridades de segurança pública. Essas organizações, muitas vezes, exercem um controle significativo sobre o crime organizado, estendendo sua influência por diversas regiões do país. Exemplos notórios incluem o Primeiro Comando da Capital (PCC), com origem em São Paulo, e o Comando Vermelho (CV), sediado no Rio de Janeiro.
A disputa pelo controle de territórios e rotas de drogas frequentemente resulta em conflitos violentos entre esses grupos e confrontos com as forças policiais, gerando um desafio constante para a segurança pública no país.