Quarenta e oito horas depois da operação de emergência, Bolsonaro foi levado para o Hospital Israelita Albert Einstein, em São Paulo, onde seria submetido a outras intervenções. No Einstein, passou por nova operação em 12 de setembro, para retirar aderências que obstruíam seu intestino delgado. Após ser eleito presidente, teve outra operação, em 28 de janeiro de 2019. Foram sete horas para retirar a bolsa de colostomia colocada após o atentado.
Em 8 de setembro de 2019, novo procedimento: médicos corrigiram uma hérnia no abdômen, fruto das diversas incisões feitas na região. A última cirurgia foi em setembro de 2020, quando retirou um cálculo na bexiga.