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A primeira esposa de Pelé foi Rosemeri dos Reis com quem se casou em 1966. Da união, nasceram Kely, de 55 anos, Edinho, de 52, e Jennifer, de 43. O segundo casamento foi com a cantora gospel Assíria Seixas. Eles tiveram os gêmeos Joshua e Celeste, hoje com 26 anos.
A fisioterapeuta Flávia, de 54 anos, que acompanhou a batalha do pai contra o câncer, é filha de um rápido relacionamento com a administradora gaúcha Lenita Kurtz. Pelé teve também Sandra Regina, que morreu em 2006, vítima de um câncer e foi reconhecida na década de 1990. Os filhos de Sandra chegaram a visitar Pelé no hospital.