Contratado na época de Adilson Batista para resolver os problemas da lateral direita do Santos, Jonathan sofreu com seguidas contusões e pouco acrescentou ao clube da Vila Belmiro até o momento, atuando em menos de um terço dos jogos do clube no ano ? mas pode ajudar a engordar os cofres alvinegros mesmo assim.
Segundo a imprensa italiana, o jogador já está com uma proposta da Inter de Milão nas mãos e não teria como recusar a oferta para ser o herdeiro de Maicon ? que estaria de saída do clube ? no poderoso time de Milão.
A oferta giraria em torno dos R$ 12 mlhões (5,5 mi de euros), o que daria ao Santos, dono de 50% dos direitos do atleta (o restante é do Cruzeiro), um lucro de R$ 1,7 milhão sobre o que foi investido no início da temporada.
Apesar de negar a negociação, a diretoria santista tende a abrir mão do jogador, já que precisa de dinheiro para colocar em ação o plano de segurar Danilo, Paulo Henrique Ganso e Neymar na Vila Belmiro.
Desde que chegou ao Peixe, Jonathan atuou em 19 das 42 partidas do time, mas em apenas 12 completas, tendo marcado três gols.