O começo de Jonathan na Inter de Milão não foi bom, mas o brasileiro já parece estar se adaptando no clube. Após marcar um gol no meio da semana, o ex-santista deu a assistência para o gol do atacante Tommaso Rocchi na vitória dos nerazzurri por 1 a 0 em casa justamente sobre o ex-clube do lateral direito, o Parma.
Aos 36 minutos do segundo tempo, o campeão da Copa Libertadores de 2010 recebeu foi lançado pela direita e acertou belo passe para Rocchi. Na área, o ex-jogador da Lazio bateu de primeira para garantir a vitória do time mandante.
Revelado pelo Cruzeiro, Jonathan deixou o Santos para acertar com a Inter de Milão em julho de 2011. O lateral não encontrou espaço e, em janeiro de 2012, foi emprestado ao Parma, onde se firmou como titular.
O brasileiro retornou à Internazionale em julho de 2012, mas seguiu atuando pouco. Atualmente, porém, o jogador vem encontrando seu espaço e foi titular em quatro dos últimos seis jogos do clube italiano. Em boa fase, o lateral marcou um gol na derrota por 3 a 2 para a Roma pela Copa da Itália antes da partida contra o Parma.
A vitória leva a Inter de Milão aos 53 pontos, deixando a equipe na quinta posição e dando força ao time na luta por uma vaga na Liga Europa. A Roma, que soma 52 pontos, ainda não atuou na rodada e pode ultrapassar o time milanês. O Parma, por outro lado, segue com 39 pontos no meio da tabela do Campeonato Italiano.