O time brasileiro da Associação Chapecoense de Futebol viajava no dia 28 de novembro de 2016 para o jogo de ida da final da Copa Sul-Americana de 2016 contra o Atlético Nacional em Medellín, na Colômbia, que seria realizado dois dias depois. Ainda no Brasil, a equipe tentou, a princípio, fazer o voo saindo do aeroporto de Guarulhos direto para Medellín. O pedido foi indeferido pela ANAC de acordo com a legislação vigente, com base no Código Brasileiro de Aeronáutica e na Convenção de Chicago, pelos quais apenas uma companhia aérea brasileira ou colombiana poderia fazer o voo.
O trajeto foi feito, então, em duas etapas: um voo comercial pela companhia aérea boliviana BoA partindo de Guarulhos às 15h15, no horário de Brasília e chegando a Santa Cruz de la Sierra na Bolívia três horas depois, e o trecho final realizado em um voo fretado pela empresa LaMia. Integraria a comitiva do time o prefeito de Chapecó, Luciano Buligon, que não embarcou junto com a comitiva; e dois responsáveis pela logística do clube já se achavam na Colômbia, aguardando a chegada do voo.
Por volta das 22h, no horário local da Colômbia, o piloto relatou à torre de controle que o avião apresentava problemas elétricos e declarou situação de emergência, quando voava entre os municípios de La Ceja e La Unión. O contato entre a torre de controle e a tripulação foi perdido às 22h15, entre as cidades de La Ceja e Abejorral. Pouco depois o avião caiu ao se aproximar do Aeroporto José Maria Córdova, em Rionegro, arredores de Medellín, em um monte chamado Cerro El Gordo, de 2 600 m de altitude msl. Em pouco tempo, as autoridades identificaram o local da queda. Helicópteros foram inicialmente incapazes de chegar ao local devido à névoa densa na região, e o acesso dos socorristas da Força Aérea da Colômbia teve que ser por terra.
A princípio fora divulgado que havia 81 pessoas a bordo, contudo verificou-se que a contagem inicial incluía quatro passageiros que deixaram de viajar na última hora.
A comissária de bordo Ximena Suárez, sobrevivente ao acidente, declarou que, pouco antes da queda, as luzes da aeronave se apagaram de repente, e então entre quarenta ou cinquenta segundos depois caiu. O técnico de voo sobrevivente, Erwin Tumiri, disse dois dias depois do acidente, que somente conseguiu ficar vivo porque seguiu todos os protocolos para tal ocasião: ficara em posição fetal, com malas entre as pernas; segundo ele, ocorreu um pânico total no interior da aeronave, com gritaria e pessoas saindo de seus assentos.
Entretanto, alguns dias depois, Erwin desmentiu essas informações em entrevista dada à rede de rádio Bluradio de Bogotá, afirmando que até o exato momento do impacto, nenhum passageiro sabia que havia uma situação de emergência, sem qualquer aviso da tripulação, e que todos estavam apenas preparados para a aterrissagem que havia sido anunciada. Afirmou que tudo foi muito rápido, a sensação de descida, depois as luzes se apagaram, acendendo-se as de emergência e em seguida o impacto e que não houve tempo para nada, nem havia ninguém em pânico no momento do impacto.