A Inconfidência Mineira levou prisão de todos ativistas presos. Teve como relator Joaquim Silvério dos Reis (1756-1819), fazendeiro e proprietário de minas de ouro. Foi peça principal para contar a localização dos rebeldes e consequentemente prendê-los.
Reis teria informado ao vice-rei no dia 9 de maio de 1789 sobre o paradeiro de Tiradentes, que estava foragido desde março daquele ano. No dia seguinte, a casa onde ele estava foi cercada e invadida por soldados. Sem ter como fugir, Tiradentes acabou se entregando.
Todos os inconfidentes ficaram presos por quase três anos até a finalização do processo. As condenações, pelo crime de lesa-majestade, ou seja, traição ao rei", dividiam-se entre pena capital e degredo. Mas graças a uma ordem de clemência da rainha de Portugal, todas as sentenças de morte foram convertidas a degredo. Exceto a de Tiradentes.
"Isso ocorreu porque ele tinha uma patente militar mais baixa. Sua condenação acabou servindo como forma de exemplo a não ser seguido", diz Missiato.
"Tiradentes foi o único a assumir o crime de se rebelar contra o poder português na capitania de Minas Gerais, enquanto todos os demais participantes da Inconfidência Mineira negaram envolvimento na pretendida revolta, além de atribuir a ele a maior parcela de culpa pelos infortúnios que passavam e por falar demais sobre ideias de rompimento dos laços coloniais", acrescenta o historiador Rodrigues.
"A lei era implacável. Quem assume participação em atos de rebelião, comete traição. E traição contra o governo metropolitano — o rei ou qualquer autoridade governamental que representa a Coroa portuguesa — é condenada com a morte. Por isso, Tiradentes foi condenado, porque ele foi o único a assumir, em seu quarto depoimento, a responsabilidade pela morte do governador da capitania de Minas Gerais."
"Ele foi tipificado como o bode expiatório da Inconfidência Mineira. Entre audiências e interrogatórios, Tiradentes foi o único que confessou a conspiração, assumindo assim toda a responsabilidade", afirma Marra.
"Em um ato muito comum à época, o castigo exemplar, decorrente da mentalidade escravista, Tiradentes foi enforcado publicamente, no Rio de Janeiro, no Largo da Lampadosa, atual Praça Tiradentes. Seu corpo foi esquartejado, a sua cabeça exposta em praça pública em Vila Rica e seus membros espalhados estrategicamente em postes e pontos de referência no caminho entre Minas Gerais e os portos do Rio de Janeiro."
Em uma cena que também permite paralelos com a Paixão de Cristo, Tiradentes foi obrigado a percorrer as ruas do centro do Rio em uma procissão. O governo fez de tudo para que o episódio tivesse uma alta carga simbólica, enaltecendo o poder e a força da coroa portuguesa. Foram 18 horas apenas para a leitura da sentença. O cortejo contou com participação de toda a tropa local e da fanfarra.
Tiradentes foi executado na forca e teve seu corpo esquartejado. Conta-se que a certidão de cumprimento da sentença foi lavrada com seu próprio sangue.