Especialistas apontam que existe diferença entre micropênis e transtorno dismórfico peniano, em que o homem se angustia excessivamente com o tamanho do órgão sem que haja uma alteração médica real. Este último afeta cerca de 1% a 2% dos homens. No micropênis, o problema é orgânico, geralmente causado por níveis baixos de testosterona durante o desenvolvimento no útero e após o nascimento.