A fauna das ilhas é única em termos debiodiversidade. A riqueza de espécies na região torna o local um importante objeto de estudo e, mais ainda, de preservação. Foi através da observação dos animais da região que Darwin começou a ponderar as ideias que levariam, mais tarde, à publicação de “A Origem das Espécies” e ao desenvolvimento da teoria da Seleção Natural.
Além das tartarugas gigantes, a fauna das ilhas inclui a iguana-marinha, o pinguim-das-galápagos, o cormorão-das-galápagos, o falcão-das-galápagos, a fragata, entre outros. O arquipélago conta com diversas medidas de proteção às espécies de animais e de plantas locais e não permite a exploração da região.