As frutas também podem conter micotoxinas, especialmente quando estão machucadas, maduras demais ou armazenadas em ambientes úmidos, permitindo que o mofo se instale. Um exemplo é o Penicillium expansum, que infecta maçãs, peras, cerejas e pêssegos, produzindo patulina, uma toxina que prejudica as enzimas celulares, gera espécies reativas de oxigênio e pode danificar DNA, proteínas e gorduras, afetando órgãos como rins, fígado, trato digestivo e sistema imune.
Outros fungos, como Penicillium italicum e Penicillium digitatum, aparecem em laranjas e limões; embora não se saiba se produzem toxinas perigosas, deixam as frutas com sabor ruim. Cortar apenas as partes mofadas pode ser arriscado, pois as hifas do mofo podem penetrar profundamente e liberar toxinas em áreas aparentemente saudáveis. Em frutas macias, é mais seguro descartar o alimento, enquanto em frutas duras, às vezes é possível remover apenas a parte afetada.