Entre os problemas mais frequentes provocados pela automedicação estão as reações alérgicas, intoxicações, efeitos colaterais, interação entre medicamentos e agravamento do quadro clínico.
Outro risco importante é o mascaramento dos sintomas. Ao aliviar temporariamente a dor ou a febre, por exemplo, o medicamento pode esconder sinais de uma doença mais grave, atrasando o diagnóstico e o início do tratamento adequado.
Em alguns casos, o uso inadequado de medicamentos também pode favorecer a resistência a determinados tratamentos, especialmente quando há consumo incorreto de antibióticos, além de aumentar o risco de danos ao fígado, rins e outros órgãos.