Ainda que sejam comuns para limpar cera, os cotonetes não servem para uso nos canais auditivos — segundo seus próprios fabricantes. Embora muitas pessoas usem os cotonetes para limpar os ouvidos, as fabricantes deste item não recomendam seu uso no canal auditivo.
Na melhor das hipóteses, é algo inútil: quando usamos estes utensílios, o que realmente acabamos fazendo é enfiar a cera de volta no ouvido, fazendo muitas vezes com que chegue em partes mais difíceis de serem limpas. Mas o uso dos cotonetes, assim como dos dedos, pode gerar problemas maiores.
A cera que acaba sendo empurrada de volta para dentro do ouvido pode carregar consigo bactérias, que levam risco de infecção. O ato também pode irritar a pele da região — fazendo com que uma pessoa toque ainda mais nessa parte, gerando um ciclo vicioso. Em alguns casos, se o cotonete for inserido muito profundamente, existe o risco de perfuração do tímpano, causando dor repentina, sangramento e perda temporária de audição.