A doença é causada por inflamação da bexiga provocada por agentes infecciosos, principalmente bactérias, e pode atingir também homens, embora seja mais frequente em mulheres.
Entre as mais jovens, os fatores de risco incluem baixa ingestão de água e alterações na atividade sexual, tanto excesso quanto falta de relações. O atrito durante o sexo pode irritar a região vaginal e facilitar a infecção. Casos recorrentes devem ser investigados quando ocorrem dois episódios em seis meses ou três em um ano.
Durante a menopausa, a redução dos níveis hormonais pode causar atrofia vaginal, aumentando o risco de cistite. Já em mulheres idosas, especialmente acima dos 75 anos, a constipação crônica e a retenção de urina, causadas pela diminuição do tônus muscular, são fatores comuns.
Nos homens, qualquer episódio de cistite merece investigação, pois pode estar relacionado a problemas como cálculo renal, nos mais jovens, ou aumento da próstata, nos mais velhos.