O novo presidente do Conselho de Ética do Senado, João Alberto Souza (PMDB-MA), assinou atos secretos quando era membro da Mesa Diretora da Casa, entre 2003 e 2007. O nome do senador aparece chancelando boletins sigilosos de criação de novos cargos, aumento de salários e concessão de benefícios para servidores e senadores.
Em 2009, quando a existência desses atos secretos foi revelada pelo Estado, o nome de João Alberto, homem de confiança do presidente do Senado, José Sarney (PMDB-AP), ficou de fora do escândalo porque na ocasião ele não era mais senador, mas vice-governador de Roseana Sarney no Maranhão.
A reportagem fez um pente-fino nos atos reconhecidos pelo próprio Senado como não publicados e encontrou o aval oficial do novo presidente do Conselho de Ética para a aprovação dessas medidas quando ele era primeiro-suplente da Mesa Diretora, entre 2003 e 2005, e segundo-secretário, de 2005 a 2007.
O nome do senador está registrado, por exemplo, no ato secreto de 20 de dezembro de 2006 que transformou 14 cargos de confiança de R$ 1,6 mil mensais (valores atualizados) em vagas de R$ 12,2 mil. Naquele mesmo dia, uma outra medida, também não publicada na época, concedeu gratificação nos salários dos chefes de gabinetes - benefício cancelado só três anos depois.
Além do nome registrado nos boletins como membro da Mesa, a ata desta reunião confirma a presença do novo presidente do Conselho de Ética no dia em que foi tomada essa decisão. Na época, o presidente do Senado era Renan Calheiros (PMDB-AL), agora recém-indicado por seu partido para compor o conselho.