A maior tragédia da aviação comercial da Suiça aconteceu na madrugada de 2 de Setembro de 1998, hoje decorridos 21 anos, quando a aeronave que fazia o voo Swissair 111, uma rota regular de passageiros, que partia de Nova Iorque até Genebra , e era operado pelo McDonnell Douglas MD-11, caiu no Oceano Atlântico, próximo da costa da Nova Escócia, Canadá e matou todos os seus 229 ocupantes.
Até aquele dia, a Swissair tinha a fama de ser uma companhia extremamente segura. Somente um acidente com um DC-8 na aterrissagem em Atenas, em 7 de outubro de 1979, havia sido atribuído a falha humana. O capitão e o primeiro oficial foram condenados a cinco anos de prisão em 1983.
Essa catástrofe de 2 de Setembro de 1998 acelerou a falência da Swissair, grande parte da frota de MD-11 foi incorporada pela Swiss. A tragédia teve conseqüências também para a segurança aérea.
O voo decolou de Nova Iorque às 20:18 . A partir das 20:33 até às 20:47, a aeronave sofreu uma queda na frequência de rádio por treze minutos. A causa do escurecimento foi determinada como sendo um erro na afinação das rádios de comunicação.
Às 22:10 UTC-3 (01:10 UTC), voando ao nível de voo 330 (aproximadamente 33 000 pés ou 10 100 metros), detectou um odor estanho no cockpit. Achou que fosse fumaça do sistema de ar-condicionado, o que poderia ser facilmente sanado, apenas fechando a abertura do mesmo. Quatro minutos mais tarde, o odor e a fumaça agora poderia ser visível.
Às 22:14, o piloto declarou um Pan-pan e requisitou um pouso de emergência no Aeroporto Internacional de Boston, em Boston. O controle de tráfego aéreo ofereceu o Aeroporto Internacional de Halifax, Enfield, por ser mais próximo do local onde a aeronave se encontrava. A tripulação decidiu então colocar suas máscaras de oxigênio e iniciar a sua descida.
Às 22:20, o capitão informou que precisariam despejar combustível, para realizar um pouso com mais segurança. O controle de tráfego aéreo informou-o que o lugar mais seguro para se fazer isso era sobre o Oceano Atlântico. O capitão aceitou e se dirigiu para o local para iniciar o despejo de combustível. Seguindo a lista de verificação da aeronave, a tripulação desligou a energia desnecessária na cabine. Isso causou um vácuo na parte de cima da cabine, o que induziu o fogo a se espalhar pelo cockpit, fazendo com que o piloto automático parasse de funcionar. Às 22:24 o capitão informou que deveriam voar manualmente. Apenas 17 segundos depois, o capitão declara mayday e então pode se ouvir o copiloto sair de seu posto, para tentar controlar o incêndio. Às 22:25, o gravador de dados da cabine havia parado de funcionar, seguido pelo gravador de voz. O transponder parou de funcionar na mesma hora. Foi registrada mais uma pequena aparição da aeronave no radar das 22:25 às 22:26. A última altitude registrada foi de 9 900 pés. Às 22:31, a aeronave atingiu o oceano, impacto que dividiu o avião em mais de 2 milhões de peças.
As investigações apontaram que a queda do avião foi causada por um incêndio, que levou a falha elétrica. O McDonnell Douglas MD-11, número de série 48448, com registro HB-IWF, fora fabricado em 1991 e foi operado apenas pela Swissair. Ele tinha o título de Vaud, em honra do cantão suíço de mesmo nome. A aeronave acumulava um total de 36 041 horas de voo. Os três motores eram Pratt & Whitney 4462s. A cabine foi configurado com 241 assentos (12 na primeira classe, 49 na classe business e 180 na classe econômica).
A aeronave tinha uma tripulação padrão, que consiste em um capitão, um copiloto e as 11 comissárias de bordo. O capitão era Urs Zimmermann, com 50 anos de idade e o copiloto era Stefan Löw, com 36 anos de idade. Ambos os pilotos eram experientes, com 10 800 e 4800 horas de voo, respetivamente. O capitão também foi um piloto instrutor para o MD-11.