A região de Pastos Bons era habitada pelos Amanajós, índios que seriam louros ou de cor mais clara que a dos indivíduos das demais tribos existentes no Maranhão. O povoamento da região foi iniciado por bandeirantes e fazendeiros que, vindos do vale do São Francisco e da Serra da Ibiapaba, em Pernambuco, ficaram extasiados com a imensidão verde dos campos gerais que lá encontraram, donde advém a denominação de Pastos Bons.
Segundo Carlota Carvalho, em seu livro ?O Sertão?, Pastos Bons teria sido elevada à condição de vila em 1764, tornando-se ponto de partida dos bandeirantes, que então foram organizados para conquistar as terras que, no sentido do oeste maranhense, que ainda permaneciam desconhecidas.
Pouco depois da proclamação da Independência, seus habitantes se manifestaram contrários à autoridade do Imperador Pedro I, tentando criar a República de Pastos Bons, que chegou a ter inclusive carta constitucional e bandeira, mas não passou de um sonho. A partir do século XIX, perdeu parte de seu território para a constituição de Mirador (1870), Loreto (1873), Nova Iorque (1890), Alto Parnaíba (1881) e Benedito Leite (1919).
Formou-se no povoado de Pastos Bons um destacamento militar ? "a tropa de 1ª linha" ? que serviria unicamente para "firmar posse [de territórios] e impor submissão aos selvagens". Dada esta característica, o vilarejo tornou-se importante entreposto, abrigando grande quantidade de colonos em busca de terras.
Apesar de tal importância, a "segunda porção" do território maranhense (alto sertão e zona sul dos cocais) ficou à margem dos grandes ciclos econômicos da província, recebendo pouca ou nenhuma atenção de São Luis (capital maranhense). A situação social agravou-se com os problemas de estiagem, somados à ocupação e exploração desordenada da terra, o que levava a sérios conflitos entre latifundiários e pequenos agricultores. Outro fator relevante diz respeito à comunicação da região com a capital maranhense, que estava geograficamente distante da região. Para os colonos era mais fácil manter contato com Oeiras, a época capital do Piauhy, do que com São Luis.
Esta característica chamou a atenção dos líderes da Confederação do Equador, que após a derrota do referido movimento emancipacionista em 1824, fugiram para o interior nordestino, em busca de um novo local para se esconderem e restabelecerem-se. Foram estes mesmos, os líderes rebeldes que haviam fugido após o debelar da Confederação do Equador, que passaram a residir no vilarejo de Pastos Bons, que idealizaram a pretensa república.
Seguindo a mesma linha de pensamento da Confederação do Equador, pretendiam formar no Alto Sertão uma república baseada na constituição da Colômbia. Pelo plano original, a república de 1828 se estenderia desde rio Gurgueia, até a foz do Araguaia, com o rio Tocantins sendo o limite sul. Planejavam fazer uma revolução em Pastos Bons, e para isto, semearam entre a população os ideais republicanos.
Ao longo do ano de 1828 o movimento pela república de Pastos Bons ganhou força e apoio. Entretanto acontecia paralelamente no sertão pernambucano, diversas ações de cunho republicano, principalmente nas cidades de Afogados e Santo Antão. Em fevereiro de 1828 foi proclamada a República Pernambucana. Este fato obrigou o império a tomar medidas enérgicas: foi decretado o estado de sítio da região em setembro de 1828; prisão de todos os líderes republicanos; e imposição de censura na região. Dado este acontecimento, e temendo a mesma represália em Pastos Bons, a sedição que se formava cessou.
Após a declaração de 1828, o governo provincial maranhense transfere a comarca de Pastos Bons para Grajaú, para assim enfraquecer politicamente o movimento emancipatório desenvolvido. Entretanto esta atitude fez fortalecer ainda mais o movimento, pois concentrou a massa crítica da região em Grajaú.
Em 1835, Militão Bandeira de Barros, Juiz de Paz da Chapada do Bonfim (atual Grajaú), admirador dos conceitos de liberdades constitucionais republicanas, propagou entre a população e os políticos da região, estes ideais. Conseguindo o apoio que desejava junto aos sertanejos do sul do Maranhão, proclamou a República dos Pastos Bons. A declaração de 1835 formulou uma república nacional e democrática, mas não passou de idealização abstrata.
O clima de insatisfação popular se agravou se em 1840, ainda durante os acontecimentos da Balaiada, explode no alto sertão, nas cidades de Grajaú, Barra do Corda, Carolina e Pastos Bons, a revolta de 1840. Os sertanejos se levantaram contra a Guarda Nacional e atacaram os presídios, libertando os prisioneiros. Em seguida, saques e depredações aos diversos edifícios públicos aconteceram.
Grupos oligarcas de ideologia liberal-republicana, se beneficiando do caos popular, espalharam a proposta separatista republicana. Em junho de 1840 a região sul do Maranhão e sul do Piauhy, se declarou independente do império do Brasil, estabelecendo a capital da república de Pastos Bons em Grajaú. Os revoltosos receberam apoio de uma das facções da balaiada, os "vaqueiros", com cerca de 4.000 sertanejos comandados por Raimundo Gomes, o Cara Preta.
O império como resposta, enviou tropas da Guarda Nacional vindas do Grão-Pará, da Bahia e de Goyaz para sufocar a rebelião de Grajaú. Grandes embates foram registrados em Grajaú e Pastos Bons. Mal preparados e praticamente desarmados, os revoltosos foram totalmente derrotados e seus líderes presos e torturados. Com as cadeias destruídas, e não havendo local adequado para acomodar a grande quantidade de rebeldes capturados, coronel Luís Alves de Lima (Duque de Caxias) ordenou que se ateasse fogo nos locais de prisão para eliminar de uma vez, todos os prisioneiros. Este ato infame foi feito nas prisões de Pastos Bons e Grajaú, e ficou conhecido como "o suplicio dos prisioneiros".
A partir da década de 1880, ressurgem em Grajaú e Carolina lutas entre grupos oligarcas pelo domínio da região. Os grupos liberais, que apoiavam a causa republicana, liderados pelas famílias Leitão e Leda travaram intensas batalhas com os grupos conservadores maranhenses, ligados ao império. Os liberais tentaram por diversas vezes a proclamação da república de Pastos Bons, mas os conservadores, com o apoio da igreja Católica conseguiu os expulsar da região, expropriando suas propriedades e excomungando-os, sendo obrigados a estabelecerem-se em Boa Vista do Tocantins, no norte de Goyaz.
Sob forte oposição Leitão ainda declara a criação do estado autônomo. Os grupos conservadores de Goyaz, sob a liderança de frei Gil de Villa Nova e Marciel Perna, fazem uma forte campanha contrária, derrotando Leitão, e desmobilizando o processo emancipatório. Leitão é obrigado a mudar-se para o Grão-Pará.
Da mesma forma que Leitão, o grupo liderado por Leão Leda é expulso do Maranhão por incitar insurreições contra o governo maranhense, e disseminar idéias separatistas. Leão Leda fixa-se em Boa Vista e retoma a proposta de Leitão ? de formar um estado com territórios do Goyaz e do Grão-Pará ? acrescentando também os territórios maranhenses. Leão Leda consegue o apoio que desejava para declarar o estado autônomo de Pastos Bons, mas os grupos opositores mobilizam-se, e inicia-se uma das mais sangrentas guerrilhas do meio-norte do Brasil. As lutas são travadas nos três estados que perderiam territórios.
Após ser derrotado no Maranhão e no Goyaz, foge para o Grão-Pará, onde chega a proclamar a criação do estado de Pastos Bons. Com forte oposição das dioceses do Goyaz e do Maranhão, Leda é derrotado, sendo morto em 1909 após uma emboscada planejada por Dom Carrerot. Após a morte de Leda, o movimento pela criação do estado de Pastos Bons é desmobilizado. Alguns líderes do movimento são presos e outros obrigados a fugir para estados vizinhos.
Após as revoluções de Boa Vista, a proposta do estado de Pastos Bons é abandonada. Entretanto ressurge em quatro outros movimentos:
1- Tocantins, que se fortalece como movimento, e em 1989 é emancipado. O único a lograr sucesso desde então;
2- Carajás, que incicialmente surge com o nome de estado do Itacaiunas em 1910, nasce ideológicamente no seio das propostas de Pastos Bons;
3- Maranhão do Sul, que embora tenha sido a base da porposta (e principal herdeiro) de Pastos Bons, é totalmente desmobilizado. Somente ressurge na década de 1970;[9]
4- Gurgueia, que fez parte da proposta republicana inicial, foi desmobilizado ainda no século XIX, somente ressurgindo na década de 1950.